Krystaller av SMYD3

Forrige uke satt jeg opp krystalliseringsforsøk med den epigenetiske regulatoren SMYD3.

Krystaller av SMYD3 sett under mikroskop

Gleden var stor da jeg så i mikroskopet i morrest og fant krystaller! Gruppen til Professor Helena Danielson har studert SMYD3 en stund,[1] og jeg reproduserte bare kjente betingelser, men det er fortsatt fint å se at man har det i fingrene. Jeg skal prøve å “soake”, det vil si putte krystallene i en annen løsning, for å få inn allosteriske regulatorer av enzymet senere denne uken. Neste uke vil krystallene så bli testet på en av strålelinjene ved ESRF i Frankrike. Forhåpentligvis vil jeg da kunne se elektrontetthet for regulatorene og bygge inn de 3D koordinatene for molekylene.

SMYD3 er er implisert i noen kreftformer, og har som oppgave å sette metyl-grupper på spesifikke lysin-sidekjeder på spesifikke histoner. Histoner er med på å bygge opp strukturen til DNA slik det lagres i cellekjernene våre, og hvis du metylerer grupper på histonene så påvirker du hvor lett tilgjengelig enkelte segmenter av DNAet vårt er for å produsere proteiner. Epigenetikk kalles dette feltet, fordi den funksjonelle tolkningen av DNAet vårt kan endres av miljøet, selv om selve DNAet forblir uendret.

SMYD3 er av særlig interesse for prosjektet mitt siden det har et allosterisk sete, altså en plass på enzymet der molekyler kan binde som ikke er de katalytisk viktige. Danielson og hennes gruppe har vist at selv om du metter den allosteriske lommen med regulatorer, så går bare aktiviteten ned ~10 %, og det håper jeg at jeg kan bidra til å forstå med flere krystallstrukturer.

 

[1] Talibov VO, Fabini E, FitzGerald E, Tedesco D, Eriksson D, Talu MJ, Rachman MM, Mihalic F, Manoni E, Naldi M, Sanese P, Forte G, Signorile ML, Barril X, Simone C, Bartolini M, Dobritzsch D, Del Rio A, Danielson UH. Discovery of an allosteric ligand binding site in SMYD3 lysine methyltransferase. Chembiochem. 2021 Jan 5. doi: 10.1002/cbic.202000736


På plass i Uppsala

Endelig var jeg på plass i Uppsala. Første dag gikk nesten i helhet med på møter: administrasjonen, vertskap, kollegaer og mulige samarbeidspartnere. Jeg har fått meg (gjeste)nøkkelkort og konto på den lokale superdatamaskinen, så nå er jeg klar til innsats. Jeg skal få forske på hvordan enzymers konformasjoner (form) kan endres, særskilt når partnere (andre […]


La det bli lys

Lyset kommer tilbake her i nord nå. Vi har hatt fantastisk lys de siste ukene, ettersom sollyset som kommer opp fra under horisonten brytes igjennom luften og gir fine rød-toner (rødt lys interagerer i mindre grad med molekylene i lufta og får gå uhindret gjennom atmosfæren, mens det blå lyset blir spredt). Mørket som ellers […]


Kjemi på svensk?

I 2006 takket jeg ja til å bli lærling i laboratoriefaget ved det som den gang het Universitetet i Tromsø. Siden den gang har jeg rukket å få både fagbrev og doktorgrad ved det som nå heter UiT Norges Arktiske Universitet. Nå er det med stor spenning vi skal reise utenlands, hele familien, til det […]


Skismørning

Fluor, eller rettere sagt perfluoralkansyrer (PFAS) har fått en del oppmerksomhet i høst. Det var meningen det skulle bli innført et forbud mot bruk av PFAS i skismørning denne sesongen, men på grunn av utfordringer med implementeringen av forbundet er det blitt utsatt. Jeg ble intervjuet på NRK Helgemorgen 26. september om saken, og konklusjonen […]


Gjesteposter

Denne våren har jeg vært så priviligert at jeg har fått jobbe med redaksjonen i forskning.no og fått publisert en kronikk om forskningen vi holder på med i forskningsgruppen jeg er en del av; der vi skal ta sammen VR-teknologi, kvantekjemi og biokjemi for å forstå mer om hvordan livet har tilpasset seg til ekstreme […]


Dansende rosiner

På ettermiddagen var det plutselig behov for en aktivitet. I kjøleskapet sto det en flaske vann med kullsyre og Emilie (det er mulig å høre henne i bakgrunnen)  hadde noen rosiner liggende på benken, da var det duket for eksperiment! Eksperimentet er lillebroren til det klassiske Pepsi+mentos-eksperimentet, og baserer seg mye på det samme. Selv […]


Julestjerna friskmeldt

Giftig. Ved nikaffen kom samtalen rundt bordet inn på julestjerna og dens påståtte giftighet. Hvor giftig kunne den være, og hvorfor? Et raskt litteratursøk viser at julestjerna faktisk ikke er giftig, men at plantesaften inneholder stoffer som kan utløse kryssallergi for de som allerede er allergiske mot latex[1]. Amerikansk giftinformasjonsentral har anslått giftigheten som så lav […]


Structural origins of AGC protein kinase inhibitor selectivities: PKA as a drug discovery tool

Mastergraden min handlet om protein kinaser, et av cellens kommunikasjonsverktøy. Protein kinaser er enzymer som kjemisk modifiserer andre enzymer ved å sette fosfat-grupper (PO4) på spesifikke serin,treonin eller tyrosin-seter. Vi kaller de protein kinaser fordi de modifiserer andre proteiner, i motsetning til andre kinaser som kan modifisere karbohydrater og lignende. Jeg bidro til et minireview, […]


Smaken av DMSO

Å jobbe med hansker er noe herk, og hvis det det er en HMS-synd jeg må innrømme, så er nok det at jeg står over hansker fra tid til annen. Men når jeg jobber med DMSO så bruker jeg å tenke meg om to ganger . Dimetylsulfoksid er det fulle navnet til DMSO, det er […]