{"id":194,"date":"2021-01-18T13:46:52","date_gmt":"2021-01-18T12:46:52","guid":{"rendered":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/?p=194"},"modified":"2021-01-18T13:46:52","modified_gmt":"2021-01-18T12:46:52","slug":"krystaller-av-smyd3","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/2021\/01\/18\/krystaller-av-smyd3\/","title":{"rendered":"Krystaller av SMYD3"},"content":{"rendered":"

Forrige uke satt jeg opp krystalliseringsfors\u00f8k med den epigenetiske regulatoren SMYD3.<\/p>\n

\"\"<\/a>

Krystaller av SMYD3 sett under mikroskop<\/p><\/div>\n

Gleden var stor da jeg s\u00e5 i mikroskopet i morrest og fant krystaller! Gruppen til Professor Helena Danielson har studert SMYD3 en stund,[1] og jeg reproduserte bare kjente betingelser, men det er fortsatt fint \u00e5 se at man har det i fingrene. Jeg skal pr\u00f8ve \u00e5 “soake”, det vil si putte krystallene i en annen l\u00f8sning, for \u00e5 f\u00e5 inn allosteriske regulatorer av enzymet senere denne uken. Neste uke vil krystallene s\u00e5 bli testet p\u00e5 en av str\u00e5lelinjene ved ESRF i Frankrike. Forh\u00e5pentligvis vil jeg da kunne se elektrontetthet for regulatorene og bygge inn de 3D koordinatene for molekylene.<\/p>\n

SMYD3 er er implisert i noen kreftformer, og har som oppgave \u00e5 sette metyl-grupper p\u00e5 spesifikke lysin-sidekjeder p\u00e5 spesifikke histoner. Histoner er med p\u00e5 \u00e5 bygge opp strukturen til DNA slik det lagres i cellekjernene v\u00e5re, og hvis du metylerer grupper p\u00e5 histonene s\u00e5 p\u00e5virker du hvor lett tilgjengelig enkelte segmenter av DNAet v\u00e5rt er for \u00e5 produsere proteiner. Epigenetikk kalles dette feltet, fordi den funksjonelle tolkningen av DNAet v\u00e5rt kan endres av milj\u00f8et, selv om selve DNAet forblir uendret.<\/p>\n

SMYD3 er av s\u00e6rlig interesse for prosjektet mitt siden det har et allosterisk sete, alts\u00e5 en plass p\u00e5 enzymet der molekyler kan binde som ikke er de katalytisk viktige. Danielson og hennes gruppe har vist at selv om du metter den allosteriske lommen med regulatorer, s\u00e5 g\u00e5r bare aktiviteten ned ~10 %, og det h\u00e5per jeg at jeg kan bidra til \u00e5 forst\u00e5 med flere krystallstrukturer.<\/p>\n

 <\/p>\n

[1]\u00a0Talibov VO, Fabini E, FitzGerald E, Tedesco D, Eriksson D, Talu MJ, Rachman MM, Mihalic F, Manoni E, Naldi M, Sanese P, Forte G, Signorile ML, Barril X, Simone C, Bartolini M, Dobritzsch D, Del Rio A, Danielson UH. Discovery of an allosteric ligand binding site in SMYD3 lysine methyltransferase. Chembiochem. 2021 Jan 5. doi: 10.1002\/cbic.202000736<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Forrige uke satt jeg opp krystalliseringsfors\u00f8k med den epigenetiske regulatoren SMYD3. Gleden var stor da jeg s\u00e5 i mikroskopet i morrest og fant krystaller! Gruppen til Professor Helena Danielson har studert SMYD3 en stund,[1] og jeg reproduserte bare kjente betingelser, men det er fortsatt fint \u00e5 se at man har det i fingrene. Jeg skal […]<\/p>\n","protected":false},"author":188,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_et_pb_use_builder":"","_et_pb_old_content":"","_et_gb_content_width":"","footnotes":""},"categories":[33],"tags":[77,78,30,79,31,80],"class_list":["post-194","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-forskning","tag-dna","tag-epigenetikk","tag-inhibitor","tag-kreft","tag-krystallstruktur","tag-uppsala"],"featured_image_src":"","featured_image_src_square":false,"author_info":{"display_name":"Bjarte Aarmo Lund","author_link":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/author\/bjarte-aarmo-lund\/"},"rbea_author_info":{"display_name":"Bjarte Aarmo Lund","author_link":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/author\/bjarte-aarmo-lund\/"},"rbea_excerpt_info":"Forrige uke satt jeg opp krystalliseringsfors\u00f8k med den epigenetiske regulatoren SMYD3. Gleden var stor da jeg s\u00e5 i mikroskopet i morrest og fant krystaller! Gruppen til Professor Helena Danielson har studert SMYD3 en stund,[1] og jeg reproduserte bare kjente betingelser, men det er fortsatt fint \u00e5 se at man har det i fingrene. Jeg skal […]","category_list":"Forskning<\/a>","comments_num":"0 comments","_links":{"self":[{"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/194","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/users\/188"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=194"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/194\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":196,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/194\/revisions\/196"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=194"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=194"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=194"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}