{"id":204,"date":"2021-02-02T10:27:17","date_gmt":"2021-02-02T09:27:17","guid":{"rendered":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/?p=204"},"modified":"2021-02-02T10:27:17","modified_gmt":"2021-02-02T09:27:17","slug":"et-dilemma","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/2021\/02\/02\/et-dilemma\/","title":{"rendered":"Et dilemma"},"content":{"rendered":"<p>Elektrontetthet er teknisk sett det vi bestemmer n\u00e5r vi l\u00f8ser krystallstrukturer. Atomer med mange elektroner vises godt, hydrogener vises nesten ikke overhodet. I helga l\u00f8ste jeg strukturen av SMYD3 under flere betingelser. Vi pr\u00f8vde \u00e5 f\u00e5 inn ligander i allosterisk sete.<br \/>\n<div id=\"attachment_205\" style=\"width: 310px\" class=\"wp-caption aligncenter\"><a href=\"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-content\/uploads\/sites\/127\/2021\/02\/EPZ-391-near-SAM.png\"><img decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-205\" class=\"wp-image-205 size-medium\" src=\"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-content\/uploads\/sites\/127\/2021\/02\/EPZ-391-near-SAM-300x151.png\" alt=\"\" width=\"300\" height=\"151\" srcset=\"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-content\/uploads\/sites\/127\/2021\/02\/EPZ-391-near-SAM-300x151.png 300w, https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-content\/uploads\/sites\/127\/2021\/02\/EPZ-391-near-SAM-768x388.png 768w, https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-content\/uploads\/sites\/127\/2021\/02\/EPZ-391-near-SAM-1024x517.png 1024w, https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-content\/uploads\/sites\/127\/2021\/02\/EPZ-391-near-SAM.png 1857w\" sizes=\"(max-width: 300px) 100vw, 300px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-205\" class=\"wp-caption-text\">I elektrontettheten har jeg plassert inn alle proteinene sine atomer (gule karboner, bl\u00e5 nitrogener, r\u00f8de oksygener). I midten av bildet har programmet pr\u00f8vd \u00e5 fylle opp elektrontettheten med \u00e5 sette inn vannmolekyler (r\u00f8de kryss), men det er \u00e5penbart ikke riktig siden tettheten fortsetter ogs\u00e5 der det ikke er vann. Smultringhullet i midten taler ogs\u00e5 veldig sterkt for at molekylet inneholder en ring-struktur.<\/p><\/div><\/p>\n<p>Dessverre var det eneste jeg kunne se en aktivt sete inhibitor som jeg hadde tilsatt for \u00e5 stabilisere proteinet. Strukturen av SMYD3 med den inhibitoren er ikke beskrevet fra f\u00f8r av, s\u00e5 det kunne jo fors\u00e5vidt v\u00e6rt interessant, men det er mye arbeid \u00e5 skrive en artikkel, og hvis jeg ikke har noe mer \u00e5 komme med, s\u00e5 er det lettere for alle om det bare blir liggende i skuffa. Bortsett fra den ene som kanskje ville hatt bruk for det en gang?<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Elektrontetthet er teknisk sett det vi bestemmer n\u00e5r vi l\u00f8ser krystallstrukturer. Atomer med mange elektroner vises godt, hydrogener vises nesten ikke overhodet. I helga l\u00f8ste jeg strukturen av SMYD3 under flere betingelser. Vi pr\u00f8vde \u00e5 f\u00e5 inn ligander i allosterisk sete. Dessverre var det eneste jeg kunne se en aktivt sete inhibitor som jeg hadde [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":188,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_et_pb_use_builder":"","_et_pb_old_content":"","_et_gb_content_width":"","footnotes":""},"categories":[33,2,81],"tags":[18,30,31,34],"class_list":["post-204","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-forskning","category-kjemifilosofi","category-utveksling","tag-enzym","tag-inhibitor","tag-krystallstruktur","tag-rongten"],"featured_image_src":"","featured_image_src_square":false,"author_info":{"display_name":"Bjarte Aarmo Lund","author_link":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/author\/bjarte-aarmo-lund\/"},"rbea_author_info":{"display_name":"Bjarte Aarmo Lund","author_link":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/author\/bjarte-aarmo-lund\/"},"rbea_excerpt_info":"Elektrontetthet er teknisk sett det vi bestemmer n\u00e5r vi l\u00f8ser krystallstrukturer. Atomer med mange elektroner vises godt, hydrogener vises nesten ikke overhodet. I helga l\u00f8ste jeg strukturen av SMYD3 under flere betingelser. Vi pr\u00f8vde \u00e5 f\u00e5 inn ligander i allosterisk sete. Dessverre var det eneste jeg kunne se en aktivt sete inhibitor som jeg hadde [&hellip;]","category_list":"<a href=\"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/category\/forskning\/\" rel=\"category tag\">Forskning<\/a>, <a href=\"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/category\/kjemifilosofi\/\" rel=\"category tag\">Kjemifilosofi<\/a>, <a href=\"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/category\/utveksling\/\" rel=\"category tag\">utveksling<\/a>","comments_num":"0 comments","_links":{"self":[{"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/204","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/users\/188"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=204"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/204\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":206,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/204\/revisions\/206"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=204"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=204"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/blogg.uit.no\/blu002\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=204"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}