Simuleringer er egentlig hovedfokuset mitt for oppholdet her i Uppsala, men det har v\u00e6rt lettere \u00e5 skrive om de tingene jeg har gjort p\u00e5 laboratoriet til n\u00e5. Men endelig har jeg resultater \u00e5 vise til ogs\u00e5 fra beregningene jeg gj\u00f8r. Jeg er interessert i \u00e5 studere hvordan enzymer (cellenes maskiner) f\u00e5r reaksjoner til \u00e5 skje, og om vi kan bruke beregninger p\u00e5 kraftige datamaskiner til \u00e5 beskrive de reaksjonene de utf\u00f8rer. For \u00e5 gj\u00f8re det bruker vi en teknikk som heter EVB, empirical valence bond theory. Arieh Warshel, som n\u00e5 er \u00e6resdoktor ved UiT Norges arktiske universitet, fikk sin nobelpris i 2013 for utviklingen av denne metoden.<\/p>\n
For \u00e5 komme i gang har jeg satt meg fore \u00e5 studere et enzym som heter “prolin racemase”. Prolin er en av tyve (21?) aminosyrer som bygger opp proteinene (jeg bruker det synonymt med enzymer). Det aller meste av liv rundt oss bruker kirale (slik som dine to hender er forskjellige) molekyler, og aminosyrer er vanligvis i L-formen (etter den utdaterte terminologien som vi tviholder p\u00e5). Jeg har ikke helt kontroll p\u00e5 biologien her enda, men av ulike grunner ser det ut til \u00e5 v\u00e6re gunstig for enkelte organismer \u00e5 kunne gj\u00f8re om L-prolin til D-prolin og motsatt. Parasitten som for\u00e5rsaker sovesyke bruker prolin racemasen til \u00e5 omg\u00e5 immunforsvaret p\u00e5 et mystisk vis.<\/p>\n
Uansett, prolin racemase er et fascinerende enkelt system fordi det i sin enkleste form er to cysteiner (aminosyrer med et svovel i sidekjeden). Vi tenker vanligvis p\u00e5 cystein som uladd og protonert, men pKa verdien for cystein er bare ~ 8.18, s\u00e5 det er slett ikke umulig \u00e5 f\u00e5 et negativt ladd cystein. Det negativt ladde cysteinet napper av det ene hydrogenet p\u00e5 prolin-molekylet og prolinet p\u00e5 sin side tar et nytt tilbake fra det andre cysteinet, og siden det kommer fra den andre siden s\u00e5 skifter kiraliteten til prolin.<\/p>\n