Et dilemma

Elektrontetthet er teknisk sett det vi bestemmer når vi løser krystallstrukturer. Atomer med mange elektroner vises godt, hydrogener vises nesten ikke overhodet. I helga løste jeg strukturen av SMYD3 under flere betingelser. Vi prøvde å få inn ligander i allosterisk sete.

I elektrontettheten har jeg plassert inn alle proteinene sine atomer (gule karboner, blå nitrogener, røde oksygener). I midten av bildet har programmet prøvd å fylle opp elektrontettheten med å sette inn vannmolekyler (røde kryss), men det er åpenbart ikke riktig siden tettheten fortsetter også der det ikke er vann. Smultringhullet i midten taler også veldig sterkt for at molekylet inneholder en ring-struktur.

Dessverre var det eneste jeg kunne se en aktivt sete inhibitor som jeg hadde tilsatt for å stabilisere proteinet. Strukturen av SMYD3 med den inhibitoren er ikke beskrevet fra før av, så det kunne jo forsåvidt vært interessant, men det er mye arbeid å skrive en artikkel, og hvis jeg ikke har noe mer å komme med, så er det lettere for alle om det bare blir liggende i skuffa. Bortsett fra den ene som kanskje ville hatt bruk for det en gang?

Comments are disabled for this post